Изначально барк Крузенштерн спущен на воду под именем «Падуя» 23 июня 1926 года на верфи Blohm & Voss в Гамбурге (Германия). Парусник использовался для перевозки грузов и как учебное судно. На дальних маршрутах перевозил строительные материалы в Южную Америку, а так же использовался для перевозки зерна из Австралии.
После окончания Второй мировой войны было принято решение поделить германский флот между странами-победительницами: СССР, США и Англией. В январе 1946 года на судне был поднят советский военно-морской флаг, а в феврале судно получило название «Крузенштерн» — в честь адмирала Ивана Федоровича Крузенштерна, руководителя первой русской кругосветной экспедиции 1803 — 1806 годов, ученого-гидрографа, воспитателя целой плеяды замечательных российских мореплавателей. В 1959 — 1961 годах корабль прошел капитальный ремонт и дооборудование на Кронштадтском морском заводе. После ремонта барк выполнял научно-исследовательские работы в Атлантическом океане по программе Академии наук СССР и одновременно обеспечивал морскую практику военно-морских учебных заведений.
Сегодня парусник принадлежит Балтийской государственной академии рыбопромыслового флота России и используется в учебных целях. Барк регулярно участвует в международных парусных регатах. Наибольшего успеха в международных регатах «Крузенштерн» добился в 1992 году в регате, посвящённой 500-летию открытия Америки. «Крузенштерн» победил в гонке от Бостона до Ливерпуля. Во время этой гонки он развил рекордную скорость — 17,4 узлов (32,4 км/час). На данный момент судно входит в пятёрку крупнейших парусных кораблей в мире.